En 491, Clovis déclare la guerre aux Thuringiens. Une hypothèse veut que leur royaume s'apparente en fait à celui du roi des Francs saliens Cararic, qui aurait eu pour capitale la cité de Tongres et dont le contour est mal défini mais s'étend probablement dans la région de Trèves ou sur les bouches du Rhin. Cararic s'étant joint à Clovis dans la guerre contre Syagrius, celui-ci est donc son allié. Il aurait attendu le dénouement de la bataille pour intervenir auprès du vainqueur, comportement que désapprouve Clovis, qui le soumet et le fait tondre avec son fils pour les faire entrer dans les ordres, respectivement en tant que prêtre et diacre. Après avoir eu connaissance de menaces de mort le concernant, Clovis les fait finalement assassiner et s'empare du royaume.
Une seconde hypothèse veut que cette guerre soit simplement la réponse à la menace qu'exercent les Thuringiens contre les royaumes francs. Avant 475, le roi des Wisigoths Euric s'est allié à ce peuple, juste après avoir défait les Francs saliens, dont les pirates attaquent la côte occidentale de la Gaule.
Basine, la mère de Clovis, étant thuringienne, une explication à cette expédition guerrière accrédite l'idée que Clovis tente de récupérer le territoire dont sa mère était originaire. Cette expédition n'entame pas pour autant la souveraineté de la Thuringe. Il faut attendre le règne de ses fils, Thierry Ier et Clotaire Ier, pour qu'elle soit intégralement soumise, rattachée en partie au royaume des Francs et en partie aux territoires saxons.