L'évêque de Reims, le futur saint-Remi, cherchant alors probablement la protection d'une autorité forte pour son peuple, écrit à Clovis dès son avènement en 482. Les contacts sont nombreux entre le roi et l'évêque, ce dernier incitant d'abord Clovis à protéger les chrétiens présents dans son territoire. Grâce à son charisme et peut-être en raison de l'autorité dont lui-même jouit, Remi sait se faire respecter de Clovis et lui sert même de conseiller.
Clovis et Clotilde, vue d'artiste d'Antoine-Jean Gros, Paris, Petit Palais, 1811
A la suite d'ambassades répétées auprès du roi Gondebaud, Clovis choisit de prendre pour épouse Clotilde, une princesse chrétienne de haut lignage, fille du roi des Burgondes Chilpéric II et de la reine Carétène (ce peuple voisin des Francs était établi dans les actuels Dauphiné et Savoie).
Le mariage qui a lieu à Soissons en 492 ou en 493 concrétise le pacte de non-agression avec les rois burgondes. En choisissant une descendante du roi Athanaric de la dynastie des Balthes, Clovis se marie avec une épouse de premier rang qui lui assure un mariage hypergamique, lui permettant de hisser les Francs au rang de grande puissance.
Dès lors, selon Grégoire de Tours, Clotilde fait tout pour convaincre son époux de se convertir au christianisme. Clovis est réticent: il doute de l'existence d'un dieu unique; la mort en bas âge de son premier fils baptisé, Ingomer, ne fait d'ailleurs qu'accentuer cette méfiance. D'autre part, en acceptant de se convertir, il craint de perdre le soutien de son peuple, encore païen. Comme la plupart des Germains, ceux-ci considèrent que le roi, chef de guerre, ne vaut que par la faveur que les dieux lui accordent au combat. S'ils se convertissent, les Germains deviennent plutôt ariens, le rejet du dogme de la double nature, divine et humaine, du Christ favorisant en quelque sorte le maintien du roi élu de Dieu et chef de l'Eglise.
Clovis a plus que tout besoin du soutien du clergé gallo-romain, car ce dernier représente la population, notamment en Aquitaine wisigothique. Les évêques, à qui échoit le premier rôle dans les cités depuis que se sont effacées les autorités civiles, demeurent les maîtres des cadres du pouvoir antique en Gaule, c'est-à-dire également des secteurs où se concentrait encore la richesse. Même l'Eglise a du mal à maintenir sa cohérence: évêques exilés ou non remplacés en territoires wisigoths, successions pontificales difficiles à Rome, mésentente entre pro-wisigoths ariens et pro-francs (Remi de Reims, Geneviève de Paris).