Clovis est le fils du mérovingien Childéric Ier, roi des Francs saliens de Tournai, et de la reine Basine de Thuringe peut-être originaire de la Thuringe rhénane ou de la Bretagne insulaire. Il est né à une date inconnue de la seconde moitié du Ve siècle, auteurs avançant les alentours de l'année 466.
Grégoire de Tours apparaître Childéric Ier dans son récit en 457, lorsque celui-ci déshonore les femmes de ses sujets, provoque la colère de son peuple, qui le chasse. Il se réfugie alors en Thuringe pendant huit ans, probablement à partir de 451. Vivant auprès du roi Basin, il séduit la femme de son hôte, Basine. Puis il retourne dans sa province, les Francs saliens le réclament à nouveau sur le trône. Le roi épouse Basine qui, entre-temps, avait quitté son époux pour rejoindre le roi franc. De ce mariage naissent Clovis et trois filles:
Alboflède ou Albofledis, baptisée en même temps que son frère, qui devient religieuse et meurt peu après;
Lantilde ou Landechildis, mentionnée brièvement par Grégoire de Tours; elle aussi est baptisée en même temps que son frère;
Audoflède ou Audofledis, que Clovis marie en 492 à Théodoric le Grand, roi des Ostrogoths d'Italie.
Childéric, exerçant des fonctions administratives, doit résider dans une ou plusieurs cités de Belgique seconde et occuper le palais attribué aux gouverneurs romains. L'éducation de Clovis a dû se faire dans la partie de la résidence réservée aux femmes, le gynécée. Vers six ou sept ans, son père prend en charge son éducation, Clovis reçoit une instruction basée sur la guerre: des activités sportives, l'équitation et la chasse. Toutefois il ne lui est pas possible de combattre avant l'âge de quinze ans. Il parle le francique, et devant succéder à son père à la tête d'une province romaine, il apprend vraisemblablement le latin. Il n'est pas possible de prouver qu'il ait su lire et écrire. Il dut aussi se voir enseigner l'histoire de son peuple.